Spre deosebire de femei carora li se recomanda de mult mai multe ori in viata sa efecueze o ecografie endovaginala, barbatilor li se recomanda mult mai rar un asemenea tip de ecografie. Recomandarea acestui tip de ecografie apartine medicilor urologi carora pacientii li se adreseaza fie pentru disfunctii erectile, fie pentru modificari ale formei penisului in erectie, fie pentru aparitia unor formatiuni vizibile palpabile sau a unor manifestari anormale, cum ar fi sangerarile sau urinarile cu dificultate sau cu jet foarte subtire si slab.
Asadar ecografia peniana poate ajuta la diagnosticarea unor maladii specifice (maladia Peyronie), la examinarea penisului dupa traumatisme, la examinarea uretrei peniene in special la persoane in varsta la care pot aparea tumori sau in cazurile in care se suspicioneaza strictura uretrei peniene sau inclavarea de calculi la acest nivel.